تأسست كلية علوم الأغذية والزراعة في العام 1385 هـ الموافق 1965 م وكان مسماها في ذلك الوقت كلية الزراعة. وهي سادس كلية تأسست بجامعة الملك سعود وأول كلية متخصصة في العلوم الزراعية في منطقة شبه الجزيرة العربية تتولى تخريج المهندسين الزراعيين والمختصين بالزراعة والباحثين في مجالات العلوم الزراعية والبيئة والغذاء. وكان أول مبنى للكلية عبارة عن قصر جميل يقع في حي عليشة جنوب غرب مدينة الرياض على مساحة 108,978 متراً مربعاً. وقد استغلت مساحة كبيرة حول هذا القصر لحقول التجارب والصوب الزجاجية والمعامل وحقل للإنتاج الحيواني. كما أنشئت في حينه محطة للتجارب الزراعية بديراب ومزرعة أخرى بالغطط لتكون رافداً لإجراء التجارب الزراعية. وقد بلغ عدد طلاب الكلية في العام الأول من إنشائها 58 طالباً. في عام 1405 هـ انتقلت الكلية لمبناها الجديد في المدينة الجامعية بالدرعية متزامناً مع انتقال جميع كليات الجامعة لمباني الجامعة الجديدة.

مرت برامج الكلية لمرحلة البكالوريوس منذ تأسيس الكلية وحتى اليوم بالعديد من المراحل التطويرية. حيث اقتصرت الدراسة بالكلية في الفترة 1385 هـ وحتى 1395 هـ على تخصص واحد فقط وهو العلوم الزراعية (شعبة عامة) وتخرج من هذا البرنامج العديد من الكوادر المؤهلة. وخلال الفترة 1396 هـ وحتى 1400 هـ تم تطوير الخطة الدراسية ليشمل خمسة تراكيز وهي 1- تركيز الإنتاج النباتي ووقاية النبات, 2- تركيز الإنتاج الحيواني والصناعات الغذائية, 3- تركيز التربة واستصلاح الأراضي والهندسة الزراعية, 4- تركيز الاقتصاد الزراعي والمجتمع الريفي, 5- تركيز الشعبة العامة. وتم استحداث عشرة تخصصات بدلاً للتراكيز خلال الفترة 1400 هـ الى 1410 هـ وشملت هذه التخصصات: 1- تخصص المحاصيل, 2- تخصص البساتين, 3- تخصص وقاية النبات, 4- تخصص علوم التربة, 5- تخصص الهندسة الزراعية, 6- تخصص الإنتاج الحيواني, 7- تخصص علوم الأغذية, 8- تخصص الاقتصاد الزراعي والمجتمع الريفي, 9- تخصص زراعة عامة (شعبة عامة)، و10- تخصص التغذية والاقتصاد المنزلي (طالبات). تم تطوير هذه البرامج لاحقاً وتقديم ستة برامج أكاديمية للطلاب وهي 1- علوم الإنتاج النباتي, 2- الاقتصاد التطبيقي, 3- الإنتاج الحيواني, 4- العلوم في الهندسة الزراعية, 5- علوم الأغذية وتغذية الإنسان، و6- وقاية النبات. كما استحدثت العديد من برامج الماجستير والدكتوراه في العديد من التخصصات المهمة. 

تم تغير اسم الكلية الى كلية علوم الأغذية والزراعة في العام الدراسي 1424/1425 هـ ضمن خطة لتطوير الكلية. تضم الكلية حالياً ما مجموعه ثمانية أقسام علمية متخصصة وهي: قسم الإنتاج النباتي وقسم الإرشاد الزراعي والمجتمع الريفي وقسم الإنتاج الحيواني وقسم وقاية النبات وقسم الهندسة الزراعية وقسم علوم التربة وقسم الاقتصاد الزراعي وقسم علوم الأغذية والتغذية. كما تضم الكلية مركزاً للبحوث وآخر للإرشاد الزراعي بالإضافة لثمانية كراسي بحثية. وتحتضن الكلية مجلة جامعة الملك سعود للعلوم الزراعية، بالإضافة إلى وجود جمعيتين علميتين هما: الجمعية السعودية للعلوم الزراعية والجمعية السعودية للغذاء والتغذية.