أُنشئ مركز بحوث كلية علوم الأغذية والزراعة في عـام 1398هـ، الموافق 1978م بعد صدور لائحة مراكز البحوث الجامعية رقم 281022/47 وتاريخ 18/2/1397ه، والتي وافق عليها المجلس العلمي للجامعة في اجتماعه التاسع والمنعقد في 6/2/1397هـ، وذلك إيماناً من الجامعة بأهمية البحث العلمي ودوره في تقدم وإزدهار الدول. ولأكثر من أربعة عقود، دَأَبَ مركز البحوث على رعاية ودعم الأبحاث العلمية المختلفة في الكلية، كما ساهم المركز في النشر العلمي حيث أَصدر العديد من النشرات البحثية والكتب العلمية المتميزة. بالإضافة الى ذلك، نَظَمَ المركز وساهم في تنفيذ العديد من الأنشطة والفعاليات المتنوعة في مجال البحث العلمي في الكلية وخارجها. كما ساهم المركز بفتح قنوات للتواصل العلمي مع جهات داخل الجامعة وخارجها من أجل تسخير  البحث العلمي المميز في حل المشكلات والإسهام في إقتصاد المعرفة.

ويسعى مركز البحوث مُنذُ نشأتهُ، الى زيادة مساهمة الكلية في تقديم العلوم والمعرفة في مجالات الزراعة والغذاء والتغذية وتسخيرها لخدمة العِلم والوطن. ويسعى المركز الى تحقيق هذا الهدف عن طريق تحقيق الإستفادة القصوى من الإمكانيات البحثية المتاحة وتَميُّز أعضاء هيئة التدريس والباحثين في الكلية. ويعمل المركز على تشجيع البحث العلمي عن طريق توفير الدعم اللازم للأبحاث العلمية المتميزة وفق ضوابط البحث العلمي في الجامعة. كما يهتم المركز بتشجيع ودعم الأبحاث العلمية المتميزة في الكلية والتي تهدف الى تطوير البيئة الزراعية، وتحسين الثروة الزراعية والحيوانية وزيادة الاستفادة منها، وتحقيق الأمن المائي والغذائي الوطني، وتحسين مستوى جودة وسلامة الأغذية، وتقييم وتحسين الحالة التغذوية للمجتمع.