تعد الشؤون الأكاديمية العمود الفقري للعملية التعليمة، وتعنى وكالة الكلية للشؤون الأكاديمية بالإشراف على شؤون الطلاب في التسجيل والتعريف بالحقوق الطلابية, ويندرج تحتها في الهيكل التنظيمي الجديد والذي وافق عليه معالي مدير الجامعة في 1/12/1430هـ ما يلي:
وحدة الشؤون الأكاديمية ، وحدة التعليم التعاوني وشؤون الخريجين ، وحدة الحقوق والأنشطة الطلابية ، والمزرعة التعليمية.